La fondazione del convento perugino è collocabile tra il 1231 e il 1234 ad opera dei frati, b. Nicola Paglia da Giovinazzo e Cristiano da Perugia. I domenicani furono voluti dagli stessi perugini; fu infatti il Comune di Perugia a donare ai frati, il 4 febbraio 1234, terreno e casa per costruire la chiesa e il convento.
    A partire da questo momento cominciò il lunghissimo rapporto - sotto vari aspetti privilegiato almeno in una prima fase rispetto a quello intrattenuto con gli altri Ordini mendicanti - tra la città e l'Ordine dei Predicatori.
    I domenicani furono i primi frati a stanziarsi in Perugia. Ad essi faranno seguito i francescani (1253), gli agostiniani (1256-1260), i servi di Maria (documentati a partire dal 1260), i carmelitani (1294).

    All'inizio fondarono un convento nei pressi della pieve di Santo Stefano del Castellare, dove costruirono un chiostro, ancora esistente, e una chiesa a doppio portale dedicata a san Domenico nello stile romanico del tempo tipico dell'Italia centrale. Essa è ancora tutta visibile, anche se destinata ad altri usi. Fu poi chiamata San Domenico vecchio per distinguerla da San Domenico nuovo e conserva antichi ricordi di celebrazioni papali, di prediche di uomini illustri come san Tommaso d'Aquino (che qui a Perugia istituì lo Studium) o fra Remigio de' Girolami o gli stessi papi, tra cui Benedetto XI, e delle canonizzazioni di santa Elisabetta d'Ungheria nel 1235 sotto Gregorio IX e del martire domenicano san Pietro da Verona sotto Innocenzo IV nel 1253. Domenicani perugini famosi

    La costruzione della grande basilica che vediamo attualmente ebbe inizio nel 1304, ai tempi di Benedetto XI. Questi, vedendo che la prima chiesa era troppo piccola per il grande afflusso di fedeli, con la Bolla del 31 maggio 1303 concesse ai frati predicatori la chiesa parrocchiale e i locali annessi di Santo Stefano del Castellare appartenenti anteriormente al capitolo di San Lorenzo.
    La chiesa nuova venne terminata in stile gotico nel 1458 e fu consacrata nel suo primo anno di pontificato da papa Pio II Piccolomini nel 1459.

    La maestosa vetrata absidale (1411) fu realizzata per iniziativa del perugino fra Bartolomeo di Pietro e disegnata dal  pittore fiorentino Mariotto di Nardo; il coro ligneo posto nell'abside fu iniziato nel 1476 da Crispolto da Bettona e intarsiato nel 1498 da Antonio da Mercatello.

    Tra il 1464 e il 1500 a fianco della chiesa venne costruita la poderosa torre campanaria, ad opera del lombardo Gasperino d'Antonio, che era ricca di trine marmoree alle finestre e di belle statue che contornavano e ornavano l'alta guglia in stile gotico (campanile che fu poi scapitozzato nel 1545 nella sua parte superiore per ragioni statiche o, più probabilmente, per esigenze connesse alla gittata dei cannoni della fortezza voluta da Paolo III).

    Il grande chiostro fu iniziato nel 1477, a servizio delle molte attività conventuali, prima tra le quali lo Studium solemne, dal quale uscirono illustri docenti e famosi scienziati, quali Leonardo Mansueti, Egnazio Danti e Vincenzo Hercolani.

    Nel 1614, nel corso del restauro dei tetti della chiesa, si determinò un grave crollo che l'anno successivo si aggravò, seguito della rovina delle navate laterali e del transetto. Uno dei più importanti monumenti del gotico perugino andò così perso.
    Per poter ricostruire il prestigioso monumento, la città ricorse al pontefice Urbano VIII. Il papa inviò in città l'architetto Carlo Maderno che ricreò, all'interno del contenitore gotico, una struttura massiccia, abbassando sensibilmente la quota delle volte. Così, tra il 1629 e il 1632, all'interno dell'antica architettura gotica fu costruita la struttura manierista, ancora oggi percepibile.

    Sempre nel 1632, su progetto di Domenico Grotti, venne iniziata la costruzione, nello slargo absidale, del palazzo del Sant'Uffizio.

    Nel 1640 innanzi alla facciata di San Domenico fu creata una scala birampante contornata da una balaustra, opera di Girolamo Ciofi da Cortona, che, pur nella sua eleganza stilistica, contribuisce a obliterare l'originaria armoniosità gotica del monumento, connotandolo di gusto più moderno.

    Il XVIII secolo vide massicci interventi sulla chiesa, che diedero luogo all'apertura di numerose cappelle a glorificazione di famiglie nobiliari lungo le fiancate, che distrussero definitivamente l'assetto gotico originario.

Ingresso principale con scalinata (1640)

Cappella Madonna del voto (XV sec.)

Monumento funerario Benedetto XI (XIV sec.)

Organo secentesco intagliato in legno

Sacrestia (1326) ornata di pitture (1506)

Coro ligneo (XV sec.)

Reliquie Benedetto XI

Cantine sotto la sacrestia